实验室应具有进行微生物检测所需的适宜、充分的设施条件。 实验室的布局与设计应充分考虑到良好微生物实验室操作规范和实验室安全的要求。实验室布局设计的基本原则是既要最大可能防止微生物的污染，又要防止检验过程对环境和人员造成危害。 合适的规划及活动区域的合理区分将提高微生物实验室操作的可靠性。

通常，实验室应划分成洁净或无菌区域和活菌操作区域，同时应根据试验目的，在时间或空间上有效分隔不相容的试验活动，将交叉污染的风险降低到最低。
    一般情况下，药品微生物检验的实验室应有符合无菌检查法(附录Ⅺ H)和微生物限度检查法(附录Ⅺ J)要求的、用于具有开展无菌检查、微生物限度检查等检测活动的、独立设置的洁净室(区)或隔离系统，并为上述检验配备相应的细菌(真菌)等实验室、培养室、培养基及实验用具准备(包括灭菌)区、样品接收和储藏区、标准菌株储藏区、污染物处理区和文档处理区等辅助区域，同时，实验室净化中还应对上述区域明确标识。